結論としては、アプリケーションに表示されているコミュニティは、プロファイルのアプリケーション設定ではなくアプリケーションメニューから非表示にできます。
以下詳細です。
コミュニティのメンバーとなったプロファイルや権限セットを持つユーザではアプリケーションでそのコミュニティが表示されます。
[コミュニティのメンバー]
[アプリケーションの表示]
コミュニティ１、コミュニティ２、コミュニティ３がログインユーザがメンバーとなっているコミュニティ
アプリケーションが不要の場合には、設定>アプリケーションメニューで非表示にできます。
そうするとアプリケーションからコミュニティを非表示にできます。範囲は組織全体となります。
アプリケーションメニューの設定は、
Spring'20時点ではメタデータとして設定が取得できないようです。
